Microbiologie

Sur raisin ou dans le vin, cette analyse démasque les bretts à tous les coups

’étau se resserre encore sur Brettanomyces bruxelensis. D’abord utilisée pour suivre l’épidémie de Covid dans les eaux usagées, la PCR digitale (ou dPCR) colonise depuis deux ans les laboratoires d’Å“nologie. La technologie est accessible aux vignerons installés à Bordeaux, à Perpignan, et sur tout le pourtour méditerranéen, dans la Vallée du Rhône, et, depuis septembre, dans le Val de Loire, chez Litov Å“nologie. « La PCR digitale présente plusieurs avantages dont sa capacité à détecter des niveaux très faibles de microorganismes permettant d’intervenir rapidement avant que des défauts ne se manifestent dans le vin », décrit Paul de Surmont, directeur général des cinq laboratoires implantés entre Chanzeaux (49) et Vouvray (37).

« Avant de commencer les cycles de multiplication, les échantillons sont dispersés en 30 000 réactions. Lorsque la PCR quantitative permettait la détection à partir de 10 cellules par millilitres, la PCR digitale permet la détection d’une cellule dans 10 millilitres d’échantillon. La sensibilité est donc 100 fois plus élevée », complète dans une note Vincent Renouf, directeur général des laboratoires Excell, où la technologie permet depuis 2 ans d’identifier le départ d’une contamination, de comprendre la répartition des cellules au vignoble ou objectiver plus finement de l’absence de population après mise en bouteilles.

20% des raisins positifs en 2023

En Gironde, durant les vendanges 2023, en utilisant la PCR digitale, Excell a pu mettre en évidence de faibles populations de Brettanomyces sur des raisins qui n’auraient pas pu être détectées par simple PCR quantitative. « Près de 20% des échantillons de raisins ont été positifs alors que les populations sur raisin étaient réputées pour être faibles et rares », précise Vincent Renouf. La technologie a également permis à un client de détecter la levure d’altération dans 22% des bouteilles analysées post-mise, avec une population moyenne de 1 cellule /mL, soit 750 cellules par bouteille. « Là non plus, toutes ces populations n’auraient pas été détectées en PCR quantitatives classiques, ni par les autres techniques d’analyses des Brettanomyces », insiste le directeur.

Pas d’inhibition des tanins

La dispersion en 30 000 réactions permet également de diluer les inhibiteurs, comme les tanins. « Cela rend la méthode particulièrement utile dans le milieu complexe de la fermentation », reprend Paul de Surmont. Si une réaction est bloquée par la présence d’inhibiteur, un seul faux négatif sera observé parmi plusieurs milliers. Par la suite la quantification repose sur une étude statistique des réactions positives et des réactions négatives. « Il n’y a donc plus de suivi en temps réel de la fluorescence mais un dénombrement des réactions fluorescentes en fin d’analyse. L’analyse se protège donc d’une potentielle faille lors du suivi en temps réel », continue Vincent Renouf. Par ailleurs, la PCR digitale n’a pas besoin d’échantillon de référence et de courbe de calibration pour quantifier l’ADN. Elle offre donc une meilleure robustesse analytique.

Technologie évolutive, « la PCR digitale permettra demain de cibler plusieurs microorganismes, des levures comme des bactéries, au cours d’une seule et même analyse », s’enthousiasme déjà Paul de Surmont.