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Nous sommes le premier laboratoire d’œnologie français à utiliser la Digitale PCR pour la quantification des Brettanomyces » se félicite Karine Joindreau, responsable de Synergie Lab, à Perpignan, pour qui les atouts de cette technologie mise au point avec le pôle technologique Bio-environnement de l’Université de la ville sont de taille.
« Les limites de quantification sont très basses, de 2 à 4 cellules/ml alors que la PCR classique propose dans la plupart des cas une limite de l’ordre de 100 cellules/ml ».
Sur le principe, sur un échantillon en PCR classique, les laboratins réalisent une seule réaction. « En PCR digitale nous mesurons sur le même volume 15 000 réactions PCR. Ce partitionnement de l’échantillon permet d’être beaucoup plus précis et limite très significativement les problèmes d’inhibitions liés aux polyphénol ».
Pour Vincent Gerbaux, ingénieur microbiologiste à l'Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV) en Bourgogne, descendre à des seuils aussi bas n’est pas inutile. Le chercheur rappelle néanmoins que, plus que la méthode utilisée, l’important est de bien prélever, avec du matériel non contaminé.
« Quelques cellules de Bretts/mL bien actives peuvent effectivement poser un problème si elles sont mises dans de bonnes conditions de développement, notamment après le décuvage et pendant l’élevage du vin ».
Gérant des laboratoires Excell, Vincent Renouf indique aller chercher ces seuils lors des contrôles de mise en bouteilles. « Le seuil classique en cytométrie est de 50 cellules par ml, l’équivalent de 37 500 cellules par bouteilles ! » prévient-il.
Comme Excell qui décompte les Bretts sur raisin, Synergie Lab propose aux vignerons d’utiliser cette technologie avant vendanges pour anticiper les problèmes de contamination au plut tôt.
Vincent Gerbaux ne le recommande pas, considérant qu'« il n’y a pas ou pratiquement pas de Brettanomyces au vignoble contrairement à la cave ».
