Quantifier le risque Brett : au banc d'essai, tous les matériels PCR ne se valent pas

evure d'altération crainte pour ses déviations organoleptiques rédhibitoires (pour peu que les arômes d'écurie ne soient pas considérés comme des marqueurs de terroirs viticoles), Brettanomyces bruxellensis reste surveillée comme le lait sur le feu par les maîtres de chai. Si les techniques de mesure de ce micro-organisme sont devenues d'une rassurante modernité, le développement d'appareils de PCR* quantitative en temps réel (RT-qPCR) ne met pas pour autant le vinificateur à l'abri des mauvaises surprises. Des discordances existent en effet entre les résultats de dénombrement obtenus par RT-qPCR et ceux sur traditionnels milieux de culture. Différences qui peuvent se traduire par des traitements inappropriés (si le risque est surévalué) ou des déviations inattendues (si le risque est sous-estimé). C'est le constat tiré par Sylvie Biau (directrice du service analytique de Sovivins), qui confirme avoir encore récemment « eu un client qui avait eu un dosage PCR ne donnant pas signe de Brett dans un autre laboratoire, alors que l'on trouvait 100 μg/L de phénols volatils dans son vin... »

N'étant pas équipé d'un machine RT-qPCR, le laboratoire Sovivins (Martillac, Gironde) a réalisé un banc d'essai des trois appareils du marché. Accessible en ligne, cette étude montre que les résultats sont loin d'être satisfaisants en suivant les protocoles fournis par les constructeurs. Il apparaît qu'une machine présente des résultats très peu répétables, qu'une autre sature (mais indique vaille que vaille qu'il n'y a pas de risque), et que toutes surestiment les populations en recensant les levures mortes (dont la lyse n'est pas complète et l'ADN reste donc mesuré). Au final, un appareil permet cependant d'obtenir une mesure fiable des seules cellules de Brett vivantes (Sovivins ayant désormais acquis cet appareil). Du moins avec un protocole qui utilise un intercalant et une photo-activation pour s'affranchir de l'ADN des cellules abîmées. Et pour être sûr de la pertinence de sa mesure, Sylvie Biau préconise de plus des volumes d'échantillonnage de 15 mL au lieu des traditionnels « 1,5 à 1,8 mL, les micro-organismes n'ont pas une répartition statistique homogène dans le vin ».

Si la RT-qPCR demande une rigueur particulière dans sa mise en place, il serait dommage de faire l'impasse sur cette méthode. « Les techniques sont bien complémentaires » juge Sylvie Biau, « certes les délais de rendu des résultats sur milieux de culture sont longs, mais ils sont peu onéreux et restent pertinents en suivi mensuel d'élevage. Tandis que la RT-qPCR est dix fois plus chère, mais judicieuse pour prendre des décisions rapides, en fin de fermentations ou avant mise. »

* : Polymerase Chain Reaction (soit réaction en chaîne par polymérase), technique de biologie moléculaire amplifiant une séquence génétique donnée.

[Photo de Sylvie Biau : Sovivins]