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vec la sélection génomique, l’ADN suffirait pour présélectionner de nouveaux cépages et il n’y aurait plus besoin de planter un pépin pour avoir une idée des caractéristiques en germe de sa vigne (précocité, résistance à la sécheresse, rendement…) et de ses raisins (acidité, anthocyanes, arômes…). Si la sélection génomique fait ses preuves, les programmes d’obtention de nouveaux cépages résistants aux maladies cryptogamiques et au changement climatique pourraient être raccourcis de quatre à cinq ans.
La recherche viticole utilise déjà des marqueurs génétiques dans ses programmes de sélection. Il s’agit de caractériser la présence des gènes de résistance au mildiou et à l’oïdium (Rpv1, Run1…), de vérifier que les variétés sont hermaphrodites ou de connaître la couleur de leurs raisins. Mais « ce sont des architectures génétiques simples à suivre dans descendance » explique Loïc Le Cunff, du pôle matériel végétal de l’Institut Français de la Vigne et du Vin d’Occitanie (IFV). Le généticien souligne que pour « les autres caractères, il y a plusieurs gènes et un ensemble de possibilités d’agrégation des chromosomes et de répartition des allèles dans la descendance. Il n’existe pas d’outil de sélection simple pour suivre actuellement une obtention variétale. »
Pour créer ce nouvel outil de sélection génomique, il faut des données pour déterminer les séquences génétiques responsables de chaque critère d’intérêt et calibrer les valeurs permettant de connaître les caractères liés. L’IFV mène actuellement deux programmes pour faire la preuve de ce concept : en Provence le projet EDGARR (Exploitation de la sélection génomique afin d’accélérer la création de variétés résistantes et qualitatives pour la filière viticole rosé, pour 127 candidats actuellement retenus) et à Cognac un programme mené avec les cognacs Martell (290 cépages actuellement étudiés).
« On conserve tous les individus obtenus, y compris les non-résistants, pour les mettre en fructification rapide et avoir des modèles, une population d’entraînement, pour mesurer les caractères cibles. En gardant tous les individus, on peut avoir un lien de prédiction facile et rapide entre phénotype et génotype, comme ce sont des cépages frères (partageant les mêmes parents) » explique Loïc Le Cunff. Pour ces deux programmes, la phase de sélection en plein champ est maintenue, afin de pouvoir confrontés les prédictions génétiques à la réalité phénotypique.
En termes de caractères pouvant être étudiés, « tout est possible, tant que c’est mesurable sur une population » souligne Loïc Le Cunff, du moins « si les caractères ne sont pas trop impactés par l’environnement pour permettre une prédiction fiable et précise » ajoute le généticien. Conformément à son objectif de sélectionner les cépages producteurs des vins rosés du futur, le programme provençal Edgarr se concentre sur des critères phénologiques (pour éviter des débourrements et des maturités précoces…) et œnologiques (acidité des moûts, extractibilité des anthocyanes pour la couleur rosée, présence de glutathion pour l’oxydabilité des moûts…). À Cognac, le programme Martell se penche sur la facilité de greffage (ratio moelle/bois), la capacité de la deuxième couronne à reprendre, les rendements, les molécules aromatiques d’intérêt pour la distillation…
Si ces deux programmes doivent faire la preuve du concept de sélection génomique assistée par marqueurs dans le vignoble, la recherche devra développer des « populations dites universelles » pour être capable de « prédire les caractères dans tout cadre de croisement » prévient Loïc Le Cunff. C’est le but du programme Sel Gen Vit, avec des plantations prévues en Alsace, dans le Beaujolais et le Languedoc. Dans la Sicarex Beaujolais, ainsi qu’à Colmar et Montpellier au sein de l’Institut National de la Recherche pour l’Agriculture et l’Environnement (INRAE).
Même si la sélection génomique assistée par marqueurs fait ses preuves, il y aura toujours une phase de plantation et de détermination au vignoble du potentiel des nouvelles obtention. « Au lieu d’avoir une centaine d’individus, on en aura une vingtaine » avance Loïc Le Cunff, soulignant que ce type de présélection se fait déjà en routine pour les grandes cultures.
