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Les nouvelles perspectives ouvertes par le séquençage du génome de la vigne

Par Propos recueillis par Juliette Cassagnes Le 26 octobre 2012
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Les nouvelles perspectives ouvertes par le séquençage du génome de la vigne
L
e séquençage du génome de la vigne a été entièrement décrypté pour la première fois en 2007, il y a donc cinq ans. Nous avons voulu en savoir plus sur les avancées permises par cette découverte, en termes de recherches. Interview de Pascal Bloy, directeur du pôle national matériel végétal à l'Institut français de la vigne et du vin (Ifv) au Grau du Roi.
« Les variétés résistantes, c’est du concret, du réel ! » a déclaré Pascal Bloy lors du congrès de la Fédération  française des pépiniéristes
« Les variétés résistantes, c’est du concret, du réel ! » a déclaré Pascal Bloy lors du Congrès de la Fédération française des pépiniéristes.
(© JC)

Viti-net : Le séquençage de la totalité du génome de la vigne a été obtenu en 2007. Quelles sont les avancées pour la viticulture permises par cette découverte ?

Pascal Bloy : Plus qu’une fin en soi, le séquençage du génome de la vigne est un outil qui a permis d’avancer plus vite dans différents domaines de recherche. Le décryptage a, en quelques sortes, permis de "doper" toutes les recherches : les programmes liés à la création variétale comme les études sur le fonctionnement de la vigne.

V.N. : Pouvez-vous donner un exemple ?

P.B.
: Nous l’utilisons actuellement pour l’identification des clones au niveau génétique, afin de séparer les différents profils de clones ; cela ouvre les portes pour notre travail de sélection génomique. La sélection assistée par marqueurs existait déjà auparavant, mais ne portait que sur un gène majeur, comme celui de la résistance aux maladies. Dorénavant, la valeur des caractères d’une variété, comme la teneur en sucre, la précocité ou le rendement qui impliquent une multitude de gènes, pourront être prédits. La sélection génomique prendra donc en compte un ensemble de gènes. A partir d’un génotype et d’un phénotype connus, nous pourrons aussi bâtir des modèles de comportements de variétés, sur lesquels nous appuyer pour en développer de nouvelles avec les caractères recherchés.

V.N : C'est donc grâce au décryptage du génome que la recherche a réussi à mettre au point des variétés résistantes aux maladies (mildiou et oïdium) ?

P.B. :
Les variétés résistantes polygéniques – c'est-à-dire qui ont plusieurs gènes impliqués dans la résistance afin d’éviter le risque de contournement - seront normalement disponibles à partir de 2016, grâce à un très long travail de sélection parmi toutes les variétés que l'on avait au départ, et de plusieurs années d’essais agronomiques et de vinifications... Soit une quinzaine d'années environ ! Ces variétés ont été retenues pour leur caractère de résistance mais au niveau qualitatif, nous sommes partis à l’aveugle, car nous n'avions pas cet outil. La sélection génomique nous aurait permis de sélectionner des variétés également pour leurs caractères qualitatifs et ce dès le départ, d’où un gain de temps important. La sélection génomique va donc nous aider pour les créations variétales de "seconde génération", que nous allons entamer dès l'an prochain avec l’Inra.

V.N. : Que peuvent attendre les viticulteurs de ces nouvelles variétés résistantes aux maladies, qui devraient sortir dans quatre ans ?

P.B
: Il y a beaucoup d’attente de leur part et on en voit le bout ! Mais il faut avoir conscience que la variété idéale ne sortira pas dès le premier coup. Nous n’en sommes qu’au début de la création variétale, à la « première génération ». Sept variétés obtenues par l’Inra Colmar sont en cours d’expérimentation au sein de parcelles de différents partenaires : Chambre d’agriculture de la Gironde et du Vaucluse, Sicarex Beaujolais et Civc. Elles auront des qualités intéressantes mais resteront à améliorer, en fonction par exemple de la localisation des vignobles - septentrionaux ou méridionaux - et des caractères recherchés.

Celles de « seconde génération » suivront et seront plus ciblées pour répondre aux besoins spécifiques de telle ou telle région ; elles seront obtenues avec des moyens technologiques plus poussés, par croisement grâce à des données issues de la sélection génomique et prendront en compte des caractères comme par exemple la résistance au stress. Les travaux vont être lancés à partir de 2013, en procédant à des croisements de cépages à « intérêt majeur », Chardonnay et Ugni blanc par exemple, en partenariat avec les interprofessions champenoise et du cognac.

L’objectif : obtenir des génotypes les plus proches possible de ces variétés emblématiques, incontournables pour les appellations, mais qui seraient porteuses de plusieurs gènes de résistance au mildiou et à l’oïdium.

variété non résistante à l'oïdium
Les photos comparant la sensibilité à l’oïdium
sur grappes d’une variété non résistante...
(© Pascal Bloy) variété à résistance polygénique
... et d’une nouvelle variété à résistance polygénique.
Les deux plants sont disposés côte à côte.
(© Pascal Bloy)

 


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